Jalur kereta api (KA) melalui Pekalongan yang terendam banjir kini sudah bisa dilalui dengan kecepatan terbatas. Namun, untuk mengatasi penumpukan perjalanan KA akibat dampak bencana sebelumnya, Daerah Operasi (Daop) 8 Surabaya masih membatalkan sejumlah perjalanan KA jarak jauh hingga Senin (19/1).
Beberapa perjalanan kereta api menuju Surabaya dan Malang mengalami keterlambatan kedatangan. Hal ini disebabkan cuaca ekstrem dengan hujan tinggi yang menyertai genangan air di jalur utara wilayah Pekalongan, Daop 4 Sem